در فیزیک، شبیه سازی دینامیک مولکولی برای بررسی پویایی پدیده‌هایی در مقیاس اتمی است که به طور مستقیم قابل مشاهده نیستند مورد استفاده قرار می‌گیرد.
در بیوفیزیک و بیولوژی ساختاری، این روش اغلب برای مطالعه حرکت ماکرومولکول‌ها مانند پروتئین‌ها و اسیدهای نوکلئیک استفاده می‌شود، که می‌تواند برای تفسیر نتایج آزمایش‌های بیوفیزیکی خاص و برای مدل‌سازی میانکنش با سایر مولکول‌ها مانند اتصال لیگاند مفید باشد.
همچنین می‌توان برای پیش‌بینی ساختار پروتئین‌های کوچک، فولدینگ زنجیره پلی‌پپتیدی از یک رندوم کویل را شبیه‌سازی نمود.
همچنین برای بهبود نتایج کریستالوگرافی اشعه X یا طیف سنجی NMR از این تکنیک می‌توان بهره برد.
همانطور که اشاره شد یکی از کاربردهای این تکنیک قوی مدل سازی میانکنش مولکول‌های زیستی است، مثلا پروتئین با ترکیبات شیمیایی کوچک که اصطلاحاً از آن‌ها به عنوان لیگاند نام می‌بریم.
برخی اوقات علاقه‌مند هستیم از بین چندین لیگاند بهترین آن‌ها از نظر میزان اتصال بررسی و انتخاب شود.
