بسیاری از بیماری‌های تخریب عصبی انسان با تشکیل آمیلوئید فیبریل‌ها مرتبط هستند. به همین دلیل مهار تشکیل آمیلوئید برای درمان این دسته از بیماری‌ها از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است.
رویکردهای متفاوتی برای انتخاب یا طراحی پپتیدها در این حیطه وجود دارد:
- استفاده از قطعات کوچک چند اسید آمینه‌ای از خود پروتئینی که تشکیل آمیلوئید فیبریل می‌دهد به عنوان پپتید بازدارنده.
از آنجایی که این فیبریل‌ها از روی هم قرار گرفتن زنجیره‌های تکراری پروتئین مورد نظر تشکیل شده است بنابراین قطعاتی از خود پروتئین که تمایل اتصال خوبی با ناحیه نظیر خود داشته باشد کاندیدای مناسبی به عنوان پپتید مهار کننده است.
این روش متداول‌ترین و ابتدایی‌ترین روش برای پیدا کردن پپتید مهارکننده تشکیل آمیلوئید فیبریل می‌باشد.
مشکلی که در مورد این پپتیدها وجود دارد این است که همانطور که پتانسیل اتصال به بخشی از توالی را دارا هستند همزمان نیز ممکن است به توالی دیگری نیز اتصال یابند و به این ترتیب آمیلوئید فیبریل گسترش می‌یابد. خود این مورد می تواند به عنوان دانه اولیه گسترش آمیلوئید فیبریل نیز عمل کند. - الهام از پپتیدهای بدست آمده از روش اول و ایجاد تغییر و بهینه‌سازی آنها جهت اتصال بهتر و افزایش اختصاصیت. در این روش از ابزارهای بیوانفورماتیکی مثل OSPREY، RosettaDesign و شبیه سازی دینامیک مولکولی می‌توان بهره برد.
- الهام از توالی های مشترک در پروتئین‌های که تعیین ساختار شده اند به نحوی که اتصال محکمی با توالی مورد نظر برقرار کنند در عین حال از دیگر قابل گسترش نباشند.
نکاتی که در طراحی پپتیدها بصورت کلی در نظر گرفته می‌شود مانند راهکارهایی جهت افزایش پایداری پپتید و یا افزایش اسید‌آمینه‌هایی برای تسهیل ورود پپتید به سلول در اینجا نیز مورد توجه می‌تواند قرار گیرد.
